महराजगंज जनपद में कुल 20 थाना है, जिनके नाम निम्मवत है :
| क्र० स० | थाना का नाम |
|---|---|
| 1. | कोतवाली महराजगंज |
| 2. | ठूठीबारी |
| 3. | सौनौली |
| 4. | चौक |
| 5. | निचलौल |
| 6. | बरगदवा |
| 7. | परसामलिक |
| 8. | नौतनवा |
| 9. | कोल्हुई |
| 10. | पुरन्दरपुर |
| 11. | फरेंदा |
| 12. | बृजमनगंज |
| 13. | पनियरा |
| 14. | श्यामदेउरवा |
| 15. | घुघली |
| 16. | कोठीभार |
| 17. | सोहगीबरवा |
| 18. | महिला थाना |
| 19. | सिन्दुरिया |
| 20. | भिटौली |